买球app最新网址的科学家软件组织的竞争遗传功能的认识提前

爱荷华州艾姆斯 - 当计算机科学家面临的一大挑战,他们往往竞争彼此,看看谁可以吃最好的解决方案。倾斜竞争被硬连接到培养,易多说弗里德伯格,副教授 兽医微生物学和预防医学 买球app最新网址和生物信息学和计算生物学研究生课程的椅子。

,看到这么弗里德伯格当科学家的测序的生物基因组中的能力远远超过了他们的判断单一基因的功能的能力,它自然觉得正式放在一起竞争,看谁能够写来预测基因功能的最佳软件。弗里德伯格和多机构小组创建中央美术学院,或功能注释的严格评估。中央美术学院是每三年举办一次的国际竞赛,评估几十个软件程序,旨在帮助生物学家分配功能,他们遇到无数的筛选通过生物体基因组的基因。

本次大赛作为理念,为新的计算证明为途径预测基因的功能,但它推进科学的理解基因组学也。弗里德伯格和他的合作者发表了他们最近比赛的结果在科学期刊 基因组生物学.

了解基因的功能

有科学家测序生物的大量的基因组,从果蝇到人类玉米。包含所有的基因组的生物体的基因的那些材料,但他们不告诉科学家的事情关于单个基因的功能。有科学家采用其他手段来弄清楚,通常通过实验。

“基因组就像试图阅读一本书,你只是部分理解的语言,”弗里德伯格说。 “基因组测序 - 识别字母和单词 - 相对容易,但了解这些词的实际意义是比较困难的。”

他说,计算生物学日益取决于科学和预测计算机程序可以在搞清楚什么基因做了强有力的工具。该CFAA AIMS竞争提供了各种计算的目的,侧方比较途径生物学家使用,因此其他生物学家研究的基因组可以作出明智的决定关于什么样的工具可能更适合他们的研究,他说naihui周,研究生在Friedberg的实验室负责监督多的最近的竞争。

“可以预测生物学家需要软件输出,以及他们想用最好的预测方法,”周说。 “比赛显示了什么样的软件生物学家就在那里,以及它如何执行。”

最近比赛有来自68支球队,144项,其中大部分来自大学,但一些私人公司以及。公平审判程序,弗里德伯格的团队与世卫组织的生物学家通过实验确定基因的功能,但尚未公开传播有其结果作品。他们进入运行在基因组的预测软件程序,看看他们是如何准确预测有关的基因的功能。节目接收在宽范围的指标和标准进行评价,周说。

除了软件为设计人员提供一个试验场为他们的产品,竞争也进入科学家的基因组学的理解,弗里德伯格说。最新加入的竞赛要求寻找那些影响长期记忆在多种生物,包括果蝇和人类基因。比赛发现的超过20个新基因的功能,这有可能给人类理解记忆和神经退行性疾病的启示。

与竞争火花社区和健康的竞争在软件开发研究基因组学的感觉,弗里德伯格说。

“这是一个自然的竞争社会,所以这有助于有竞争建立一个社区,如果Talk与教师和学生对方,”我说。 “这些谈话有时会引发争论,但它使社会向前发展。”